Die Buchse 1 ist der Standby-Strom-Anschluß der bei den Aquaero 5-Versionen vom Netzteil versorgt werden kann. Beim Aquaero 6 existiert dieser Anschluss nicht mehr, da dort der Standby-Strom allein vom USB-Anschluss des Motherboards kommt. Bedienanleitungsseite 60, Abschnitt 4.13

In der Aquaero 5/6 Bedienanleitung findest du auf der Seite 56 eine Übersicht der vorhandenen Anschlüsse, dort ist der Relaisanschluss mit Relais gekennzeichnet. Desweiteren findest du auf der Seite 60, Abschnitt 4.12 die Pinbelegung des Relaisanschlusses.

Ich weiss nicht genau, was du mit 'dritter Eingang' meinst. Aber ich denke mal du meinst, warum die Relaisbuchse drei Pins hat.
Bei dem verbauten Relais handelt es sich um einen Wechselschalter. Soll heissen, so lange das Relais nicht mit Strom versorgt wird ist der Kontakt zwischen Pin 2 und Pin 3 geschlossen. Erst wenn das Relais schaltet, Strom bekommt, wird der Kontakt zwischen Pin 2 und 3 unterbrochen, was in Bezug auf eine Notausschaltung via Netzteil bedeutet, dass der Computer sofort aus geht. Man kann den Computer jedoch auch mit einem simulierten Druck der 'Power-Taste', mit der man den Computer normalerweise einschaltet, ausschalten. Dazu schließt man die Pins 1 und 3 parallel zur Powertaste an. Das Relais kann man nun so einstellen, dass bei einer Alarmsituation, das Relais für 10 Sekunden geschaltet wird. Dabei wird dann Pin 1 mit Pin drei kurzgeschlossen und ein Druck von 10 Sekunder auf die Power-Taste simuliert. Wenn du an deinem Computer die Power-Taste länger als ~3-4 Sekunden drücken würdest, sollte der Computer sich eigendlich sofort ausschalten.