Es sind an sich zwei unterschiedliche Anschlussarten für unterschiedliche Anwendungsbereiche.
Wenn du alle Möglichkeiten offen haben willst, ist es am besten, sowohl USB als auch aquabus angeschlossen zu haben. So habe ich das auch. Wie @Shoggy das handhabt, weiß ich natürlich nicht.
Vorteil der aquabus-Verbindung: Die Daten der aquabus-Geräte stehen direkt im aquaero zur Verfügung. Früher war das die einzige Möglichkeit sich beispielsweise die Drehzahl der Pumpe auf dem Display anzeigen zu lassen. Mittlerweile können die per USB verbundenen Geräte über den aquaservice kommunizieren, das setzt aber voraus, das Windows gestartet ist und der Dienst läuft.
Die USB-Verbindung ist meiner Ansicht nach im direkten Vergleich wichtiger, da Firmware-Updates ausschließlich über USB laufen können. Zudem stehen, wie schon von in diesem Thread erwähnt, einige Optionen nur über USB zur Verfügung.