Ja und Ja.

1. Ja, deine Einstellungen in der Aquasuite (oder am Gerät) werden auf das Gerät übertragen und laufen dann autark-
2. Ja, welche Sensoren du nutzt und wo du diese platzierst bleibt dir überlassen. Du kannst bei einem Regler jedoch zum steuern als Ausgangstemperatur lediglich eine Temperaturquelle wählen. Warum sollte mehr auch Sinn machen? Wenn du mit Wasser kühlst spielt es doch keine Rolle welches Bauteil zu heiß wird, dann wirst du wohl eher die Wassertemperatur herunter regeln wollen um das zu beheben. Ansonsten erstellt man einen zusätzlichen Regler für die VRM Temperatur und steuert damit einen anderen Ausgang wie z.B. einen extra Lüfter - eine Verkettung geht meines Wissens nach nicht. Für die VRM Temperaturen brauchst du sofern du die Aquasuite + Windows nutzt keine Sensoren verbauen, das kann diese meistens per Software direkt selbst auslesen.

Einach gesagt:

Ein Regler hat immer eine Datenquelle welche er auswertet und kann damit mehrere Ausgänge regeln.

1.) Ja, läuft autonom.

2.) Jein?! Da müsstest du mal etwas konkreter werden, was du genau vor hast. Du kannst nicht mehrere Temperaturen einem Regler zuordnen, aber du kannst virtuelle Temperatursensoren erstellen, die sich aus bis zu drei Senorwerten ergeben. So kommst du an Maximal-, Durchschnitts- oder Minimalwerte und kannst auch die Differenz ermitteln. Keine Ahnung ob das für dein Vorhaben zu gebrauchen ist.

Das mit der DC-LT würde ich mir nochmal überlegen, mir sind zwei von drei dieser Alphacool Pumpen sehr schnell gestorben und die Leistung ist auch nicht so sonderlich gut.
Das einzige Argument dafür ist wohl der Preis, das kann aber schnell nach hinten los gehen.