Mal von oben nach unten
Der Aquaero 6 steuert sowohl 3 als auch 4 Pin Lüfter, also Spannungs- und PWMregelung.
Der Quadro wird einfach per USB ans MoBo angeschlossen und Du kannst dann über die Aquasuite die Lüfter am Quadro nach dem Temperatursensor im kryos NEXT steuern, wie Du allerdings schon richtig gesagt hast greift das erst wenn der Aquacomputer Service unter Windows gestartet ist.
Wenn Du unabhängig von Windows steuern willst musst Du einen Temperatursensor direkt an den Quadro hängen, oder einfach einen Rückfallwert einstellen, der Dir nicht die Ohren wegpustet wenn der Tempsensor nicht erreichbar ist