mit usb wird das schwierig, da man für so ziemlich alles einen controller und recht aufwändige programmierung braucht.
einfacher anzusprechen sind daher sog. legacy-ports, etwa COM (seriell) und LPT (parallel).
php taugt eigentlich nur für webapplikationen, im anwendungsbereich - trotz php-gtk - ist es eher unbrauchbar. da kommt eher was wie c/c++, vb oder auch python in frage.