Der wirklich funktionelle Hauptunterschied wäre noch dass du mit einem 3.x Controller in der Lage wärst zwei Pumpen an einem Aquaero zu betreiben. Bei dem 3.5er wiederum kann man mittels Jumper direkt in drei Stufen übertakten.
Ansonsten sind es allgemeine Verbesserungen der Elektronik wie mehr Stabilität, Überspannungsschutz usw. - Dinge, die natürlich hübsch sind, man aber nicht zwangsläufig braucht.
Es steht halt günstige 6 Euro den etwas teureren 29.90 Euro für einen neuen Controller gegenüber