Optimal wäre es wenn die Lüfter direkt am APE sitzen weil du dadurch die Luft regelrecht zwingst zwischen die Kühl-Rippen zu gehen wärend sie ansonsten bei erhöhtem Abstand auch seitlich vorbeiströmt und nicht mehr ganz so effektiv ihre Arbeit verrichtet.
Wenn du die Lüfter drosselst, z.B. auf 5 Volt, wirst du da nicht viel hören wenn sie direkt am APE sind. Bei hohen Einstellungen könnten die Luftverwirbelungen und somit der Geräuschfaktor schon ein wenig zunehmen wobei du im Gegenzug aber auch bessere Temperaturen hast.
Du kannst ja testweise einfach mal die Lüfter irgendwie provisorisch direkt an den APE befestigen und ein wenig experimentieren.
Insgesamt halte ich die Version mit Lüftern direkt am APE für besser.