Du könntest mal folgendes ausprobieren. Zieh dir 
dieses sowie 
dieses Tool und kopiere beide in den Hauptordner des "Problem-Programs".
Ebenfalls in diesem Ordner legst du eine Batch Datei mit folgendem Inhalt an:
sleep.exe 10
process -a <program>.exe 01
<program> natürlich entsprechend austauschen 
Rufe die Batch Datei auf und innerhalb von 10 Sekunden startest du jetzt wiederum das eigentliche Program. Sofern das nicht funktionieren will evtl. einfach mal die Zeit bei Sleep ein wenig erhöhen.