Hi und willkommen im Forum
Da du auch noch die Festplatten "kühlen" willst würde ich doch ganz klar zum APE360 greifen. Dir sollte allerdings noch bewusst sein, dass z.B. die Aquadrives eher dazu gedacht sind die Festplatte zu dämmen damit sie nicht mehr ganz so nerven falls das momentan der Fall ist. Mit kühlen hat das eher weniger zu tun. Platten, die von sich aus schon recht kühl sind heizt man unter Umständen sogar ;D
Wenn der Chipsatz auf dem Board bereits passiv gegkühlt wird muss du ihn nicht zwangsläufig in den Kreislauf einbinden. Auf einem Photo sieht die Halterung recht abenteuerlich aus. Keine Ahnung, ob da ein Twinplex mit einer der Halterungen aus dem Shop ein Plätzchen findet. Zur Not könnte man den Kühler auch mit Wärmeleitkleber befestigen wobei das spätere Entfernen mitunter sehr schwierig werden kann.
Als Netzteil kann ich dir ein beQuiet empfehlen. Die bieten ausreichend Leistung und sind vor allem flüsterleise und passen daher gut in ein WaKü-System.
Der Aquabay ist insgesamt recht praktisch. Dass die Pumpe idealerweise stehend installiert werden soll liest man oft aber in der Praxis scheint das nicht wirklich eine Rolle zu spielen. Ich habe noch keine Klagen gehört von Leuten, die ihre Pumpe am Aquabay montiert haben.
Beim Durchfluss gibt's nicht viel zu sagen. Die Reihenfolge, wie du alles anschliesst, ist relativ egal da durch die Geschwindigkeit, mit der das Wasser unterwegs ist, die Temperatur im Kreislauf nur geringfügig schwankt.
Insgesamt sollten mindestens 20l/std. durch den Kreislauf fliessen aber da sehe ich keinerlei Probleme.
Bei deiner Gehäusefrage kann ich dir nicht gross weiterhelfen da ich mit Chieftec noch nicht viel zu tun hatte. Mir erscheint allerdings deine erste Version mit dem 360er im Deckel am sinnvollsten. Da hast du auch gleich den Vorteil, dass du die Warme Luft im Gehäuse relativ einfach entsorgen kannst da diese bekanntlich aufsteigt. Die Lüfter am Radiator sollten also auch nach draussen blasen wärend du evtl. an der Rückseite vom Gehäuse noch ein bisschen Luft nach innen fächern könntest. So solltest du einen sinnvollen Luftstrom im Gehäuse haben.
edit: das sollten natürlich nur 20l pro Stunde sein und nicht pro Minute wie vorher angegeben :