Der Matrox-Treiber bietet mit Powerdesk in der "Mehrfachanzeigen-Steuerung" einige Auswahlmöglichkeiten an.
Da gibt es globale Zuordnungen für Programmfenster und Popups sowie auch "Fensterpositionen speichern".
Vielleicht findest Du da ja schon was Du brauchst.
Individuelle Einstellungen wie auf zwei verschiedenen Rechnern halte ich auch für unrealistisch - da hilft dann wohl nur ein zweiter Rechner und Remotedesktop oder VNC ... :