Eine der Grundfunktionen des aquaero 5 ist die Steuerung von Lüftern. Hierzu besitzt das aquaero auf der Hauptplatine 4 Lüfterkanäle und kann zudem mit 6 weiteren poweradjust Modulen auf bis zu 10 Lüfterkanäle erweitert werden. Alle Lüfter werden vom aquaero drehzahlüberwacht und können im vollen Spannungsbereich von 0-12 V mit völlig frei definierbaren Regelparametern gesteuert werden. Dabei gibt es jetzt unglaubliche Möglichkeiten von 2-Punkt- über Kurven- bis hin zu PID- und Differenzwertreglern.