Luft kann in einem geschlossenen Kreislauf nicht einfach "entstehen" (Fäulnis und Gärgase sind bei dest. Wasser und Frostschutz eher unwahrscheinlich

).
Wie die Luft in das System hereinkommt ist allerdings eine gute Frage. Irgendwo muß eine geringfügige Undichtigkeit sein, so daß Wasser in geringen Mengen austritt und evtl. verdunstet bevor man Tropfen sehen kann (Denn wenn Luft hineinkommt muß als ausgleich Wasser heraus - das Volumen in dem Kreislauf ist schließlich begrenzt). Du könntest mal alle Steckverbinder im Kreislauf mit Papiertaschentüchern umwickeln (mit Schnur, Draht, Kabelbindern o.ä. fixieren). Wenn dort irgendwo etwas austritt sollte man eine Verfärbung durch das Frostschutzmittel sehen können.
Daß die Pumpe rattert wenn Du den Schlauch abknickst/zudrückst ist normal. Sie kann dann kein Wasser mehr fördern und blockiert. Ich weiß nicht wie empfindlich PUR-Schlauch auf mechanische Belastung reagiert und ob man ihn dadurch evtl. beschädigen kann, so daß er undicht wird.
Diffusion ("verdunsten") durch die Schläuche ist bei PUR normalerweise nicht zu erwarten.
Eine (unbestätigte) Theorie meinerseits ist folgende: Wasser dehnt sich bei Erwärmung bekanntlich aus. Wenn man einen geschlossenen Kreislauf komplett mit Wasser befüllt, ohne ein Luftpolster (im Ausgleichbehälter, Ausgleichschlauch, Radiator oder wo auch immer) zu haben muß dieser Volumenzuwachs von den Schläuchen abgefangen werden. PUR-Schläuche sind recht fest, ich weiß nicht wie es um deren Dehnungsfähigkeiten bestellt ist. Es könnte aber sein, daß der Druck im Inneren ausreicht um an einer Schwachstelle etwas Wasser herauszudrücken (was man aber mit der o.g. Taschentuchmethode feststellen könnte). Wenn das Wasser wieder abkühlt (und sich das Volumen verringert) wird der entstehende Unterdruck durch nachströmende Luft ausgeglichen.
So ließe sich eine gewisse Menge an Luft im Kreislauf begründen, allerdings müßte sich das Ganze irgendwann auf einem gewissen Pegel einpendeln. Außerdem ist das wie gesagt nur eine Theorie.