1.) Einen extern angebrachten Radi kann man besser passiv betreiben. Allgemein dürfte die Kühlleistung etwas höher sein. Allerdings wird's mit einem externen Radi etwas schwieriger wenn man den Rechner transportieren will (je nachdem wie er befestigt ist).
2.) Das ist nicht nötig. Da Du je nachdem wie Du die Wakü aufbaust allerdings wesentlich weniger Luftdurchsatz im Gehäuse hast ist es evtl. nicht verkehrt den wahrscheinlich ziemlich popelig kleinen Kühler auf dem Chipsatz durch einen größeren zu ersetzen (z.B. alter Prozessor-Kühlkörper).
3.) Die Pumpe wird mit 230V Wechselspannung betrieben. Du mußt also irgewndwie das Kabel aus dem Gehäuse bekommen (oder die Pumpe extern anbringen). Es bietet sich eine schaltbare Steckerleiste an, in die man sowohl Pumpe wie auch Computer einsteckt. Oder aber, wenn Du über entsprechende Kenntnisse verfügst kannst Du auch am Netzteil
herumbasteln.
4.) Nein, das ghet ohne zusätzliche Bauteile (das ist ja gerade das schöne daran

) Der Trick ist folgender: Man verbindet den Minuspol des lüfters (schwarzes Kabel) mit der +5 Volt-Leitung des Netzteils (rote Leitung). Da der Pluspol an +12 Volt hängt ergibt sich eine Spannungsdifferenz von 7 Volt (12-5=7).
5.) Baumarkt, Tankstelle, VW-Vertragshändler/Werkstatt, KFZ-Zubehörhandel...
Edit:
Oh man bin ich wieder lahm heute...