Vielleich brauchst du eine aktualisierte Version (build 330).
Hier ist diese Version zum Download.
Irgendwo müsste auch ein Update für deine SE Version zur Verfügung stehen. Bei mir geht diese Version ohne Probleme, trotz DX9 Graka und aktuellster DX Version.
edit:
Hier ist die Update Version. Aber Achtung:
"This patch is only for 3DMark2001 SE (build 300) released in February 2002, and not for 3DMark2001 released in March 2001"