Das automatische Neustarten der USB Verbindung wird es in der kommenden Release-Version der aquasuite optional deaktivierbar geben.
Aber das löst nicht das Problem, dass bei Deinem USB etwas faul ist - nur das neu anmelden wird dann nicht erfolgen.
Wo das Problem liegt ist schwierig zu sagen. Wenn Du noch einen SSD rumliegen hast, dann würde ich mal ein sauberes Windows aufsetzen.