1.) Das mit dem Active Desktop erscheint mir eine passende Idee. Kaum will man ein JPG als Hintergrundbild, hat man da nen Internet-Explorer. Und der braucht natürlich ne fette Menge an DLLs etc.
2.) Hast du vor kurzem das SP3 installiert? Ein Kumpel von mir hatte plötzlich das gleiche Problem nachdem er das SP3 installiert hatte. Gelöst bekommen hat er es nie
3.) Ansonsten:
Win2000 macht halt nen sauberen Init bevor du loslegen kannst (nicht wie bei W9X/ME) Was viel Performance zu diesem Zeitpunkt frißt ist der FastFAT-Treiber, der so ziemlich als letzter geladen wird. Je mehr Daten auf den Platten desto länger indiziert der. Kommen dazu dann noch einige Progs im Autostart, die er alle parallel laden will (auch mal in der Registry im Autostart nach irgendwelche sinnlosen Geschichten suchen), dann ackert die Mühle halt erstmal...