erstens: du meinst nicht java, sondern javascript, das ist ein riesen unterschied und hat nichts miteinander zu tun.
zweitens: du merkst ja schon das mit flash auch nicht alles einfach geht. Du müsstest dir jetzt actionscript anschauen um das ein oder andere zu erreichen.
actionscript ist ecmascript.
javascript ist auch ecmascript.
du kannst also auch direkt html + javascript lernen, und dir die ganzen anderen probleme ersparen.
drittens:
auch mit flash geht barrierefreiheit:
http://www.adobe.com/resources/accessibility/flash8/
flash kann auch den zurück-button nutzen:
http://www.adobe.com/devnet/blueprint/articles/back_button.html
anständige links kann man auch irgendwie basteln
problem dabei: damit wird es komplizierter als einfache normale html-seiten zu schreiben.
wobei man auch sagen muss das eine seite die mit ajax- und javascript-effekten aufgemotzt wurde auch nicht immer so auf zurück-buttons reagiert wie man das erwartet. Auch hier wartet viel arbeit und feintuning.
nur das hier die funktionen von flash nicht genutzt werden, sondern nur die nachteile von flash ins gewicht fallen.
also da lernen angesagt ist: html lernen, das muss man eh für flash können.
übrigens raten auch die flash entwickler zu einem konservativen ansatz mit html als grundlage:
http://www.adobe.com/devnet/flash/articles/progressive_enhancement.html