Subversion halte ich auch für die beste Wahl.
CVS kann nicht gut mit Binärdateien, Subversion ist durchaus dafür ausgelegt. Klar, Diff und Merge geht nicht mit Binärdateien von Haus aus, aber bei uns werden damit auch Gigabyte-weise RPM-Pakete und Word-Dokumente versioniert.
Für Subversion gibt es auch nette Webviewer und Verwaltungstools.
Und mit Webdav + Autoversionierung kann man das auch transparent für die User machen, sie speichern einfach, und eine neue Version wird erstellt.
Man muss aber sagen das Subversion als SCM, also Source Code Management System, gedacht ist.
Speziell für CAD gibt es aber auch sogenannte PDM- / PLM-Systeme (Produktdatenmanagement, Product Lifecycle Management), mal als Beispiel:
http://www.contact.de/pdm-plm-products/turnkey-pdm
Das macht dann aber eben alles was du angesprochen hast, nicht nur Versionierung. Und kostet dementsprechend.