Also, eigentlich solltest du passende Verbinder mitgeliefert bekommen haben. Hast du mal versucht, die beiden auszutauschen? Bei der Eheim haben die nämlich unterschiedliche Größen für Druck- und Saugstutzen.
Ansonsten könntest du versuchen (sofern du genug Winkelverbinder mitbestellt hast), trotzdem die geraden Anschlüsse zu benutzen.
Zur Lage der Pumpe bleibt nur zu sagen, dass in der Anleitung die vom Hersteller erlaubten Einbauarten aufgezeigt sind. Also nicht auf den Kopf stellen oder so ähnlich.
Ansonsten ist die Reihenfolge des Durchflusses im System egal, da das Wasser aufgrund der hohen Fließgeschwindigkeit überall im System (fast) die gleiche Temp hat...
Hoffe, dass ich dir helfen konnte... und dich überhaupt erst mal richtig verstanden habe!
;D