Solange sich nur die Oberfläche verfärbt hat ist das wie schon erwähnt wurde kein Problem. Es sieht unschön aus, das war's aber schon. Anders ist es wenn sich irgend welche dicken Ablagerungen gebildet haben die den Querschnitt des Kühlkanals verringern, sei es Kalk aus Leitungswasser, Algen oder was auch immer, sowas solltest Du entfernen.
Es schadet auf jeden Fall nichts die gesamte Kühlung mit warmem Seifenwasser durchzuspülen (dabei kannst Du die Sachen in einem auch auf Dichtigkeit kontorollieren). Wenn Du schärfere Reinigungsmittel verwendest um hartnäckigere Verschmutzungen zu entfernen sei vorsichtig mit den Gummidichtungen und dem Plexiglas, letzteres reagiert z.B. sehr empfindlich auf bestimmte Alkoholsorten.
Nach der Reinigung nicht vergessen nochmal mit klarem Wasser nachzuspülen, wer weis was die Reste an Reinigungsmitteln sonst auf lange Zeit in der Wakü anrichten.
P.S.: Zitronensäure wie schon erwähnt nur für Kupferteile, die werden damit spiegelblank. Nicht auf die Idee kommen das bei Aluminium auszuprobieren...