Das einzige was bei dem Gehäuse problematisch werden könnte währe einen großen Radiator unterzubringen (wozu ich Dir aber unbedingt rate. Ein kleiner reicht zwar auch, in diesem Fall gilt aber "Size
does matter!"). Ich kann nicht genau sehen wie viele 5 1/4" Schächte das Gehäuse hat und wie viele davon gebraucht werden. Falls Du zwei, besser drei frei hast könnte das möglicherweise ausreichen. Ansonsten bleiben noch die Seitenwand oder der Gehäuseboden
Zur Pumpe: Mit der Hydor habe ich keine praktische Erfahrung, habe eine Eheim 1046. Wenn ich den Rechner direkt neben den Monitor stelle und das Gehäuse öffne habe ich ein leichtes Zittern in der rechten oberen Bildecke (der der Pumpe am nächsten gelegene Punkt). Eine Lage Gehäuseblech (relativ starkes Blech allerdings) scheint aber bereits ausreichend abzuschirmen.
Was das Übertakten angeht wird Dir niemand eine klare Antwort geben können. Möglicherweise bekommst Du noch ein paar MHz rausgekitzelt, vielleicht auch nicht, das ist grundsätzlich immer Glückssache...