Erstmal: Mehr Platten = mehr Lärm, sollte aber klar sein denke ich mal.
Deswegen würde ich empfehlen, größere Platten zu nehmen, z.B. die Samsung Spinpoint F1 mit 750gb oder 1TB, ist aber leider immer noch nicht verfügbar, wäre aber auf Grund der geringen Scheibenanzahl (333GB/Scheibe) sehr gut geeignet.
Bei der Dämmung wäre eine Bitumenbox das Optimum, du müsstest aber je nach Plattenanzahl mehrere davon bauen, was auch wieder Platz wegnimmt. Ist etwas schwierig bei mehreren Platten, bei 2 Stück aber noch machbar denke ich.
Also wenn dir 1TB reicht, würde ich 2 500er Samsung T166 mit 16mb Cache nehmen und jeweils eine BTB für die beiden Platten bauen. Dann auf dem Caseboden entkoppelt montieren, wenn möglich, noch ein Bodenloch darunter machen.
Die momentan größte erhältliche Platte ist die 7200.10 von Seagate mit 750GB, kostet aber ca. das doppelte von einer 500er und ist auch lauter als die Samsung.
mfg