Ich hatte / habe exakt das selbe Problem mit meinem Aquaero 4. Auf meinem alten x58 Board lief alles ohne Probleme.
Wurde mit Aquasuite 4,72 erkannt, bis ich SLI aktiviert habe. Danach war Ende. Habe ich SLI wieder deaktiviert und den Rechner neu gestartet, wurde die Aquasuit tadellos erkannt
Das scheint ein generelles Problem mit x79 Boards zu sein, welches sich unterschiedlich äussert. Ich habe jetzt einen Aquaero 5 pro und die aktuelle Aquasuite, die läuft ohne Probleme auf dem x79.
Die Lösung hast du ja auch schon gefunden, AC rät in einem anderen Thread dazu, eine Controllerkarte einzusetzen.