Also, die 125 Ohm, die das Rippele ausgerechnet hat, sind als Daumenwert (wie zu erwarten war) ganz gut. Von den angenommenen 2,5V können LEDs aber in beide Richtungen abweichen. Solange Du nicht verrätst, was das genau für LEDs sind, ist das nur eine Schätzung.
Der 5V-Zweig ist üblicherweise der am besten stabilisierte Stromzweig im Rechner. Wenn da eine LED (mit Vorwiderstand) flackert, dann ist da entweder ein Wackelkontakt im Spiel, oder das Flackern stellt die letzten Zuckungen einer tödlich verwundeten LED dar.
Letzteres ist wahrscheinlich. 5V unbegrenzt hält eine LED normalerweise nur wenige Sekunden durch ohne sich zu verformen. Vielleicht hat der USB den Strom auf etwa 100mA begrenzt, das erklärt dann, warum die LED überhaupt noch Licht abgibt. Irgendwo einbauen würde ich die aber nicht mehr.
Gegrillte LEDs schmecken doch gar nicht...
Edit:
sch**ß leds
Häääh? Was können die LEDs für Deine, äh, rustikale Schaltung? *wunder*