Hallo,
da sich ja das Peltier nicht dreht und demzufolge keine blöden geräusche von sich geben kann würde ich es mit PWM versuchen

, einfache schaltungen mit einem NE555 sollten ausreichend sein, ausserdem hast du da nicht so das Problem mit der Verlustleistung. Die Mosfets müssen nur die umschaltverluste verbraten und das is nich ganz so viel wenn du mit der PWM Frequenz nicht so hoch gehst.
Die lüftersteuerung über 2 Taster würde ich mit einem Digitalen Poti machen, Xicor hat ganz gute in seinem Programm, die Speichern auch den Letzten Schleiferwert ab, sonst musst du ja jedesmal wenn du deinen PC anmachst erst die lüfter einstellen, und das kann man ja mal leicht vergessen.
MfG
Sebastian