also

hast du die widerstände am bulgin-taster für 12V? dann wäre auch klar wieso die am multiswitch heller leuchten, denn dort kommt ja afaik 12V raus. am mainboard aber nur 5V (glaube ich zumindest).
wenn das so wäre sieht die lösung so aus dass du die widerstände gegen welche für 5V austauschst und beides am mainboard anschließt.
deine vorstellung (led an multiswitch UND mainboard) geht jedenfalls sicher nicht.
wenn du das ganze dann noch ausschaltbar haben willst musst du halt jeweils in eine der beiden zuleitungen jeder led noch nen unterbrecher (relais?) schalten das du wiederum mit dem multiswitch schaltest.

edit: ach quatsch, ich bin ja doof
wenn du die leds an HDD und POWER -LED anschluss des mainboards anschließt, dann brauchst du überhaupt keine widerstände. hat man ja bei den standard-LEDs auch nicht. deswegen leuchten die mit vorwiderstand natürlich dunkler.
der rest stimmt aber