was heißt da selbstgebautes? is doch a hardware-frage!
@washy:
ersmal willkommen im forum
und dann zum case: wird knapp!
also der untere hdd-käfig muß auf jeden fall mal fliegen, wenn du die pumpe unterbringen willst...
aquatube kannst ruhig intern verbauen, stört ja niemanden, allerdings wäre bei deiner case-größe wohl ein aqua-inject angebrachter
das mit dem evo240 in den deckel... wie schauts denn mit dem netzteil aus? is dafür dann überhaupt noch genug platz?
bin jetz zu faul die maße fürn evo rauszukramen und zu vergleichen :
350w reicht für alle "normalen" PCs aus... ich betreibe hier einen Athlon64 mit 9800pro an einem 3 jahre alten enermax-NT... das geht schon gut

und 2 lüfter... da würd ich zum bequiet greifen, die sind recht leise und haben auch eine interne lüftersteuerung, damit kannst du zb auch die päpste regeln
unterschied düse/normal ist, daß der düsenkühler eine flachere bauweise ermöglicht und auch eine grüßere kühlleistung bietet, allerdings hast du zb bei einem kernkühler (cuplex evo) mehr masse, die im unwahrscheinlichen fall eines pumpendefekts noch etwas hitze aufnehmen und kompensieren kann bis die notabschaltung des PCs (hoffentlich) eingreift
mit dämmatten oder ähnlichem (ich schätze das meintest du mit den schaumstoffplatten) würd ich noch abwarten... schau daß zuerst mal die wakü drin ist, dann wirst du schon sehen wie leise so ein wakü-PC sein kann

kommt natürlich auch auf deine hdd an... die samsung sind ja an sich schön leise (hab eine 160er... sehr fein!)
also theoretisch is eine wakü in dem case sicher machbar, aber es wird eng und erfordert gute planung!

hilfreich sind da schablonen, kannst dir ja aus karton zurechtschnipseln und mal anlegen ob alles passt oder so