jo tach auch,

also ich sach ma so, des sollte eigentlich kein problem sein, was du da vor hast. du muesstes halt mal schaun, ob man das blech fuers mainboard rausschrauben kann, und gegen ein anderes tausch.
sollte des nicht der fall sein, kann man des ja raustrennen und ein passendes fuer ATX standard einbauen.
alternativ und mit weniger arbeit verbunden, ist die option, dein neues board einfach als ne art"bohrschaplone" zu verwenden.
d.h. leg des Board einfach aufs blech, und uebertrage die zu verwendenten loecher aufs blech, damit du sie bohren kannst.

Mit der blende fuer die schnittstellen an der rueckseite vom gehäuse, wird dir wahrscheinlich nix anderes uebrig bleiben, als sie rauszuschneiten, und eine neue fuer dein board passende, einzusetzten.

so long
fireball