Zum Entkalken eignen sich viele Säuren, am gebräuchlichsten sind die von Dir erwähnten. Essig (aber bitte kein Aceto, sondern weißer Branntweinessig oder noch besser Essigessenz) geht oder Zitronensäure (aber kein Zitronensaft, sondern die reine Säure, gibt's in Pulverform bei den Reinigungsmitteln).

Einfach mit Wasser ansetzen, bei der Zitronensäure steht die Mischung auf der Packung, beim Essig frei nach Schnauze - wenn's ordentlich stinkt, wirkt's auch. Essigessenz aber nicht pur verwenden, das ist zuviel des Guten!

Den Gummidichtungen sind diese organischen Säuren normalerweise egal. Trotzdem - hinterher gut spülen ist immer gut.

Ich würde das System entleeren, mit Entkalkerflüssigkeit auffüllen und laufen lassen - warmes Entkalken geht nämlich besser als kaltes. Und wenn möglich das System offen lassen - es bilden sich beim Entkalken Gasbläschen. Wenn Du schon Krusten hast, musst Du die Nummer wahrscheinlich 2-3 mal wiederholen, Du hast also ein paar Tage damit zu tun.

Anschließend noch 1-2mal mit sauberem Leitungswasser spülen, auffüllen dann aber bitte mit demineralisiertem Wasser und AC-Fluid. Dann verkalkt das auch nicht wieder, der Kalk kommt aus dem Leitungswasser.

Oder es ist gar kein Kalk, sondern in Auflösung begriffenes Aluminium. Dagegen hilft das oben Beschriebene nicht...
Du hast leider durch die Befüllung mit Leitungswasser (besser leitfähig als demin. Wasser) und die verschiedenen Metalle im Kreislauf recht gute Voraussetzungen für Alu-Korrosion geschaffen. Eloxiert sind die Selbstbau-Kühler nicht, oder? Das ist ein weiterer Minuspunkt, eine Oxidschicht hätte das Alu ebenfalls etwas geschützt. Hast Du denn AC-Fluid im Wasser gehabt? Falls auch nicht, würde ich beinahe wetten, dass Du ein wenig Kalk und etwas mehr Alukorrosions-Produkte im System hast...

Wenn das System aber mit einem Entkalker gefahren wird besteht dann nicht die Gefahr das die Pumpe verstopft?

Ich würde die Kühler runternehmen und mit Zitronensäure ordendlich in einen Topf abkochen. Desweiteren würde ich auch die Schläuche dann tauschen.....

Geht schneller und ist nicht so eine große Sauerei wie das Spülen mit Chemikalien.....

PS: Damit kriegen wir auch auf Arbeit auch unseren Wasserkocher wieder sauber..... ;D ;D

Das sich der einer der Kühlkörper nach 2 Jahren auflöst wage ich etwas zu bezweifeln. Oder bestand ein direkter ALU-Kupferkontakt?

Na, so große Brocken, die die Pumpe verstopfen können, werden da wohl nicht herumschwirren. Allerdings - für Düsenkühler könnte es eng werden...

Natürlich ist Demontage und externe gründliche Reinigung die schnellere und gründlichere Lösung, deshalb hab' ich ja darauf hingewiesen, dass die Chose ohne Demontage ein paar Tage dauert.

Dass sich ein Kühler wirklich auflöst, halte ich ebenfalls für unwahrscheinlich. Dass er korrodiert und seinen "Alu-Rost" im System verteilt halte ich dagegen für möglich. Vergleichsweise geringe Mengen wegefressenen Aluminiums korrodieren zu zumindest optisch größeren Mengen an Abfallprodukten.

Äääh - Zitronenkonzentrat? Also Zitronensaftkonzentrat?

Das löst auch Kalk, aber Du musst hinterher unbedingt gründlich spülen. Zitronensaft enthält nämlich mehr Zucker als jeder andere Fruchtsaft - deshalb klebt ein Zitronensaftfleck auch so stark.