Erster wichtiger Grundsatz bei Sägearbeiten am Case:
Lieber zwei mal messen und nur einmal sägen!
Also vorher alles sauber aufskizzieren und ausmessen ob's überhaupt so passt wie geplant. Dabei solltest Du z.B. bedenken daß Du einen Rand brauchst an dem Du das Plexiglas befestigen kannst oder auch daß evtl. irgendwelche Verstrebungen, Laufwerkskäfige o.ä. im Caseinneren im Weg sind die später nicht unbedingt gleich hinter dem Fenster sein sollen...
Je nachdem ob Du ein einfaches Fenster mit glatten Kanten oder ein kompliziertes Cutout mit vielen Winkeln machen willst solltest Du entweder eine Stichsäge oder einen Dremel verwenden, ersteres geht mit der Stichsäge besser, aber für komplexere Sachen ist die zu "gewalttätig"
Sägen solltest Du wen möglich von der Innenseite des Bleches her, da fallen Abrutscher etc. nicht so ins Gewicht. Wenn Du eine Stichsäge verwendest ist es allerdings evtl. besser von außen zu sägen da Gehäuse-Seitenwände meistens irgendwelche Helterungen an den Kanten haben die der Stichsäge schon mal im Weg sein können.
Lackierte und sonstige empfindliche Oberflächen mit Malerkrepp abkleben!
Hinterher sollstest Du die Schnittkanten mit einer Feile, einem Schleifaufsatz für den Dremel und/oder Schmirgelpapier mindestns so weit entgraten daß man sich nicht mehr dran verletzen kann. Wenn Du Kantenschutzband o.ä. verwendest brauchst Du hierbei natürlich nicht all zu ordentlich zu sein...
Um das Fenster zu befestigen gibt es mannigfaltige Möglichkeiten wie z.B. kleben (alle Arten von Kraftkleber, Silikon, doppelseitiges Klebeband), verschrauben oder Einfaßband (wer's mag...).
Viel Erfolg!