Das Problem sind nicht die unterschiedlichen Dateisysteme sondern der MBR (master boot record). In diesem steht geschrieben welches System gestartet werden soll und wo es sich befindet. Windoof überschreibt den normalerweise einfach mit den eigenen Daten und bei der Installation von Linux haste wohl nicht genau genug aufgepass

.
Du muss also einen Bootmanager haben und den auch richtig konfigurieren, so dass du auswählen kannst welches System gebootet werden soll. Suse verwendet glaube ich normalerweise Lilo. Ich persönlich verwende aber lieber Grub.
Hier findest du eine gute Erklärung zu beiden :
http://www.linuxfibel.de/
(Siehe unter Installation -> Bootmanager)