Versuchs mal mit virtualDub. Das kann auf jeden Fall AVIs, M2V hab' ich noch nie gesehen ???
Bei VirtualDub unter Filter den Null-Transform auswählen, dann kannst Du croppen (es muß ein Filter aktiv sein damit Cropping möglich ist, also nimmt man vorzugsweise einen Filter der einfach "nichts" macht

). Das Cropping-Menue sollte selbsterklärend sein.