Dein Problem ist momentan das BIOS bzw. das Mainboard und indirekt auch Windows. Hier mal ein kleiner Auszug aus der c't 09/04:
Auch wer nur ein 48-Bit-fähiges Betriebssystem wie Windows XP SP 1 einsetzt, begibt sich unter Umständen in Gefahr, dann nämlich, wenn das Rechner-BIOS nicht die volle Kapazität erkennt. XP stört das wenig, solange die Bootpartition vollständig innerhalb der ersten 128 GByte oder auf einer anderen Platte liegt. Startet man aber irgendwann einmal ein DOS, dann droht Ungemach.
Das Problem ist, dass die Adressierung der Sketoren dann nicht mehr stimmt. Windows bzw. DOS glaubt zwar z.B. im richtigen Sektor die Daten zu schreiben nur schreibt es diese in Wirklichkeit ganz woanders auf die Platte. Wenn du Pech hast überschreibt es irgendwann anderen Dateien und dann ist natürlich Schluss

DOS? Sicher bin ich mir nicht aber ich meine die XP-Installation besteht zu Teilen noch aus DOS weshalb nach dem Neustart wohl nichts mehr weitergeht.
Beste Löung wie schon erwähnt ein BIOS Update. Mit dem Programm
Everest (AIDA32 Nachfolger) kannst du evtl. herausfinden welches Mainboard du hast.
Falls das mit dem BIOS nichts mehr wird könntest du dir mit einem Festplatten-Manaher behelfen, der dann quasi das BIOS austrickst.