Ich hatte ein ähnliches problem, mit Debian und grub.
Ich schätze dein suse verwendet Grub? Hast du mal probiert mit yast das zu konfigurieren?
Bei mir bestand das problem, das linux auf der sekundären platte war, und deshalb aus irgendeinem grund die windowsplatte nicht booten konnte (also, der grub auf der linux platte). Hab es nun z.Zt. so gelöst, das der windows bootmanager eine windows-version von grub startet, der dann mein linux bootet.