Starte Steam - Steam Games - Rechtsklick auf Counterstrike - Properties (Einstellungen) - Set launch options (Startparameter setzen): Dort gibst du dann "-width 1280 -height 1024" ein. Kannst du natürlich durch jegliche andere Auflösung ersetzen.
Das hat google ausgeworfen, bei BF2 kann man die Auflösung über die Eigenschaften einstellen, wäre vielleicht auch mal nen Versuch wert.