Den Empfehlungen schließe ich mich an. In einem Team kann die zentrale Struktur von Subversion (SVN) hilfreich sein.
Wenn du allerdings sowieso alleine arbeitest, sind Mercurial (hg; mein Favorit) und git als dezentrale Systeme sehr schön. Damit ist es möglich, auch ohne Verbindung zum zentralen Repository/Server Änderungen zu speichern (etwa im Zug). Diese lassen sich dann über ein "push" in andere Repositories synchronisieren. Ich habe bspw. eines auf einem Server im Internet, das nicht zuletzt als Backup dient.
Gerade unter Linux + Co. lässt sich alles wunderbar über SSH tunneln. Für deine beschriebene Anforderung brauchst du das allerdings nicht, wenn deine Repositories (eins zum Arbeiten, eins als Backup/Archiv) im Dateisystem liegen. Dem Windows-Freund ist
TortoiseHg sehr ans Herz zu legen.