mergen geht nur bei gleichen parametern der videos. also auflösung, codec muss passen und audiotyp (format, kanäle, evtl. bitrate).
das machst du am saubersten mit den kostenlosen profi-tools im mkvtoolnix (gibts hier:
LINK)
einfach die datei mmg.exe starten (ist das GUI) und die entsprechenden videos hinzufügen (das erste normal, die weiteren mit "anhängen", sonst werden die streams parallel geaddet). dann einfach zieldatei angeben und muxen drücken
funktioniert bei mir tadellos. videos sind innerhalb weniger minuten und ohne neucodierung oder sync-verlust zusammengefügt.