nicht direkt.
zunächst ist die verwendung von javascript für navigations-essentielle dinge eine SEHR schlechte idee. ist js aus, is ende gelände.
eine alte methode ist es, ein dropdown-formularelement mit den links zu bestücken. funzt auch über javascript. falls du jedoch das popup dauerhaft im vordergrund lassen willst, müsstest du das formularelement als alternative auf einem layer im vordergrund positionieren. nächstes problem: damit der !"§$%& internet exploiter das standard-css-attribut "fixed" hinbekommt (was wegen eines bugs oder mangels lust der ms-entwickler nicht tut), muss man erst einen weiteren bug ausnutzen. DAS kanns auch nicht sein.
falls es dir darum geht, die navigation platzsparend unterzubringen, wäre die navbox halt auch eine hilfe - wenn auch eine nur bedingt grafisch anpassbare.
eine weitere lösung kommt vom css-gott stu nicholls, ein popup in reinem CSS:
http://www.stunicholls.myby.co.uk/menu/alert.html
soviel zunächst von mir.