Ist das denn das BIOS vom Hersteller gewesen, also das offizielle und kein modifiziertes BIOS von irgeneiner Homepage?
Wenn es das offizielle ist, dann MUSS es damit gehen.
Wie sieht es denn im Gerätemanager aus?
So sollte es aussehen (ausser der Iiyama USB Hub, der ist von meinem Monitor). Wenn da nichts mit USb ist, dann sind die Anschlüsse seid dem BIOS deaktiviert. Also einfach im BIOS wieder anstellen, meist unter OnBord Geräte oder so ähnlich zu finden.
Alternativ könntest du auch das BIOS wieder auf default stellen, dann sollten die Anschlüsse wieder an sein. Da du so aber alle Einstellungen verlierst, würde ich mich einfach auf die Suche nach den USb Einstellungen machen.
edit: Du hast das gleiche BIOS Update nochmal gemacht? Wenn so auch geht dann ;D.