Da scheint mir in diesem Fall AxCrypt besser geeignet zu sein als TrueCrypt.

Zudem gibt es eine nette Präsentation zur Integration von LUKS in Gnome. Oder auch so: http://ubuntu.wordpress.com/2006/01/24/use-an-encrypted-usb-drivepartition/ (übigens ein sehr interessanter Blog mit Ubuntu-spezifischen Tipps)

Da fällt mir spontan nur GnuPG ein (das an sich aber eine Kommandozeilenapplikation ist).

Nur: Wenn du auf einem USB-Stick verschlüsselte Daten hast und diese bei jedem Zugriff komplett entschlüsselst, ist das vielleicht unnötiger Zeitaufwand. Zudem macht es die ganze Aktion teilweise zunichte, wenn die sensitiven Daten auf normale Speicherbereiche des Sticks "entpackt" werden und du sie anschließend "löschst". Dann kann man nämlich eher mit einem Recovery-Tool versuchen, die Daten wiederherzustellen und muss sich überhaupt nicht mit der Verschlüsselung beschäftigen. Das dürfte auch bei AxCrypt zutreffen.

Mit TrueCrypt dagegen wird das ganze nur virtuell verfügbar gemacht, die Daten laden (Ausnahmen beachten, z.B. wenn Dateien beim Öffnen in den lokalen Temp-Ordner kopiert oder beim Arbeit dort Backups abgelegt werden) nicht auf der Platte, sondern nur im Arbeitsspeicher (was auch Risiken birgt). Da TrueCrypt aber virtuelle Laufwerke einhängt, könnte das wiederum verhindern, dass es ohne Installation läuft. Es gibt allerdings einen sog. 'Traveller Mode', siehe dazu die Hilfe im entsprechenden Abschnitt.