Das ist absolut egal.
Das einzige Problem das ich mal hatte war eine zu kleine WinPartition. Die war so knapp gehalten, dass die schnell voll war und das war dann ziemlich dumm.
So weit ich weiß installiert sich alles was zu Windoof muss automatisch selbst dahin (Treiber usw.), da kann man IMHO garnichts dran ändern. Beim Rest dürfte das dann egal sein wo es hin kommt.
PS: Ich kenne so schlaue Leute die sogar Spiele auf ihre externe Festplatte installiert haben und dann behaupten, dass es keinen Performace Unterschied gibt

*Frauen und Technik*