Hast du vielleicht beim Neuaufsetzen des Servers andere Treiber verwendet? Oder hast du nur den Samba-Dienst neu gemacht?
Als ich für meinen Onkel seinen Daten-PC von Win XP auf ein Linux Samba System umgestellt habe, gab es leider keine vernünftigen Treiber für den Onboard installieren Softwareraidcontroller. Außerdem war der Controller mit 25MB pro Sekunde recht lahm, weshalb ich zum Kauf eines Adaptec Controllers geraten habe. Das war damals nen Siemens Computer für 400€ wo ich dann noch nen Controller für 250€ eingebaut habe, installiert habe ich dann den SUSE Linux Enterprise Server.
Was die Einstellungen von Samba angeht, kann ich dir leider nicht weiterhelfen. Ich hab damals etliche Foren durchwühlt um eine vernünftige Einrichtungsanleitung zu bekommen. Vom Windows Server 2008 ist man doch echt mehr Komfort gewohnt