Die 1046 hat nur eine halb so hohe Leistungsaufnahme wie die 1048, daher ist das Magnetfeld bei der 1046 natürlich erheblich geringer.
1.) Du mußt prinzipiell überhaupt keine Pumpe abschirmen, bei sehr vielen Usern klappt es einwandfrei mit der Pumpe im Gehäuse, aber sicher ist sicher...
2.) Störungen machen sich oft durch Abstürze bemerkbar. Fehlermeldungen schon beim Booten, Festplatte wird nicht erkannt, Lesefehler, etc. Was Du Dir vorstellen kannst

Falls Dein Rechner nach der Wakü-Montage instabil läuft solltest Du die Pumpe als möglichen Kandidaten in Betracht ziehen. Sowas läßt sich nur leider nicht immer ganz genau eingrenzen.
3.) Die Laufwerke selbst werden wahrscheinlich garnicht mal so beeindruckt von dem Magnetfeld sein, viel eher z.B. IDE-Kabel wo Spannungen induziert werden können die dann Störungen hervorrufen. Aber theoretisch können auch das Motherboard oder andere Steckkarten gestört werden (Ich glaube mich da an jemanden zu erinnern, der von Grafikproblemen berichtet hat).