Wenn Dein System entlüftet ist ist es egal an welcher Stelle die Komponenten sitzen.
Bau alles so zusammen wie Du es möchtest, stell den Rechner beim Befüllen auf den Rücken, Kopf die Seite oder was auch immer um die Luft rauszukriegen. Wenn Du sicher bist das die Luft raus ist kannste ihn dann normal hinstellen.