Wenn die Pumpe höchster Punkt im System ist wird es unter umständen schwierig den Wasserkreislauf zu befüllen. Wie Ruben schon erwähnt hat sind die Eheim-Pumpen nicht selbstansaugend. D.h. man muß das Wasser beim Befüllen irgendwie erstmal bis zur Saugseite der Pumpe bekommen (ganz von selbst fließt Wasser eher selten bergauf

), erst dann kann man die Pumpe einschalten und das System wird vollgepumpt. Je nachdem wie man befüllt ist das natürlich kein echtes Problem (z.B. wenn man den Rechner sowieso auf den Rücken legen muß weil man den Aquatube in der Front hat).
Wenn der Druckanschluß der Pumpe nicht nach oben zeigt ist es etwas schwieriger alle Luft aus der Pumpe heraus zu bekommen. Normalerweise kann man die kleinen Luftbläschen bekanntlich aus der Pumpe bekommen indem man sie mehrmals aus und wieder einschaltet, bei transparenten Schläuchen kann man dann bei jedem Schaltvorgang ein paar Blächen beobachten die aus dem Druckanschluß herausflitzen. Wenn sie sich dabei allerdings gegen ihr natürliches Bestreben nach oben zu steigen bewegen müssen ist das nicht förderlich.
Die einzigen von Eheim offiziell erlaubten Einbaulagen sind a) ganz normal stehend und b) senkrecht hängend mit dem Sauganschluß nach unten. Andere Einbaulagen funktionieren wie ebenfalls schon erwähnt auch - nur ohne offiziellen Segen