Du musst wohl nur den Bootloader in den MBR der HDD im Rechner schreiben.

IIRC geht das irgendwie mit fixmbr.. Google hilft.

Tja, du hast wohl Ubuntu nach Vista installiert. Ubuntu hat seinen Bootloader auf die Ubuntu-Platte geschrieben, da du aber noch die Windows Platte angeschlossen hattest den Windows Loader entfernt und auf den Linux Loader umgeschrieben.

Wenn du nun den Windows Boot Loader reparierst achte darauf NICHT die Ubuntu-HDD anzuschließen, da sonst der Bootloader überschrieben und du das Linux nicht mehr starten kannst.

Danach sollte im BIOS natürlich die USB-HDD Bootpriotität haben, damit du im Fall, das die HDD angesschlossen ist, auch dein Ubuntu starten kannst. Anderenfalls wird er ja von der nächsten Möglichkeit booten, deiner Vista Platte.
Ob das aber alles so reibungslos funktioniert kann ich dir nicht sagen. Im schlimmsten Fall musst du beide Bootloader neu schreiben (ohne die jeweils andere HDD angeschlossen zu haben) und dann immer per BIOS / Bootreihenfolge wählen.

Er kann auch Grub auf die Windows-HDD installieren. Dann muss man im BIOS nichts umstellen..

Schau dir mal easyBCD an. Ist ein sehr schönes Tool für Allerlei rund ums Bootmenü.

http://neosmart.net/dl.php?id=1