Mit deinem System müsstest du eigentlich eh weitaus mehr als 91fps haben.
(Mein Rechner ist langsamer und Q3 läuft konstant mit fest eingestellten 333fps)
Auf Anhieb fallen mir nur 2 Sachen zum probieren ein:
-Versuch mal Quake nur an einen Prozessorkern zu binden, manchmal hat man Probleme mit Mehrkern-CPUs
-Schalt mal Punkbuster aus, das macht gerne Stress

mal ein schuss ins blaue von mir, aber versuch auch mal im baseq3 ordner im quake verzeichnis die q3config.cfg umzubenennen. dann schreibt quake ne neue config datei. falls sich da nen mist eingeschlichen hat, sollte das eventuell besserung bringen. dann musst du zwar allmöglichen mit wieder hinkonfigurieren, aber vielleicht bringts was. kannst ja erstmal nur halbscharing konfigurieren und nen paar testspiele machen. falls der fehler bestehen bleibt, löscht du die neue config und benennst die alte wieder in q3config.cfg um. falls die config im q3 verzeichnis nix bringt, dann probhiers eventuell mal mit der im cpma ordner. da gilt wieder die gleiche vorgehensweise, nur halbscharig konfigurieren und probespielen.
kann man ja nicht angehen lassen, dass du das beste spiel dewr welt nicht spielen kannst

Punkbuster probiert?