1. wenn ich möchte das ein optisches element ein oder aus fadet... brauch ich dafür zwingend Flash? Oder gibts da auch einfachere methoden? (DHTML?)
Der Begriff "DHTML" ist irgendwie ausgestorben

Mit JavaScript-Libs kannst du Effekte wie Überblendungen realisieren. Ich empfehle dazu die
Effekte von jQuery (bzw. jQuery generell), für diesen Fall die Funktionen `fadeIn()` und `fadeOut()`.
2. Ich hätte gerne eine Box mit Inhalt die sich scollen lässt ohne das ich die gesamte seite scrallen muss... optimalerweise mit transparenten hintergrund. (man scrallt durch den Content, Hintergrund und gesamte Webseite drum herum verändern sich jedoch nicht...) - wie stell ich sowas am geschicktesten an?
Statt eines iFrames ist `<object>` die sauberere Alternative. Für deinen Fall tut es aber ganz einfach ein `<div>` (oder ein anderes Element mit `display: block;`) dem du eine feste Breite und Höhe gibst und `overflow: scroll;` (oder `auto`) setzt.
Damit kann man bspw. auch Bildergalerien realisieren, bei denen alle Bilder auf einmal geladen, aber nur eines zur Zeit angezeigt werden soll. Dazu bekommt jedes Bild eine ID und Links außerhalb des Blockelements verweisen dann auf diese.