Ok, bevor das hier komplett durcheinander geht, nochmal von vorn:
1.:-wenn Du die normale HDD-LED (ohne der Flasher-Schaltung) am MoBo hast, leuchtet die bei (genau dann wenn) Festplattenaktivität
2.:-wenn Du da jetzt statt der LED die Flasher-Schaltung dranhängst (genau genommen den Eingang des OK), übernimmt die "LED im OK" die Funktion der Original-LED - insbesondere kannst Du zwischen den Eingangspins des OK (PIN 1 und 2) die Vorwärtsspannung der LED messen (der MoBo-Anschluß ist eine Stromquelle, keine Spannugsquelle -> Limbachnet). Allerdings genau dann, wenn HDD-Aktivität angezeigt werden soll - sonst mißt Du 0V. Um das zu testen kannst Du (konstant) anliegende Plattenaktivität auch mit dem Power-LED-Anschluß simulieren, wenn Du den Eingang abziehst, ist's als wenn die Platte grad schweigt, klar?
3.:-wenn die LED im OK leuchtet, schaltet der (Foto-)transistor (des OK) durch, sonst sperrt er (Spitzfindigkeiten mit Pin6 mal außen vor gelassen). So, Pin 5 liegt auf 12V, klar (also 12V gegen Masse=Gnd). Pin 4 liegt über die beiden Widerstände (zusammen fast 27kOhm) auf Massepotential, wenn der OK sperrt. In dem Fall sollten sich also an Pin 4 0V gegen Masse messen lassen (oder eben -12V gegen die 12V Versorgungsspannung

). Schaltet der OK nun durch, liegt Pin 4 zwar über die 27kOhm immer noch an Masse, aber da der "Widerstand" durch den OK viel geringer ist, liegen dort jetzt eben fast 12V (gegen Masse) an. Fast, da ein Teil der Spannung im Ok (bzw dessen Transistor) abfällt.
4.:-Der Spannungsteiler dahinter leitet jetzt ca vier fünftel (ganz grob geschätzt) dieser Spannung an die Basis des Transistor (BD13x) weiter. Im Knotenpunkt zwischen(!) den Widerständen mußt Du also gegen Masse 0V messen bei inaktiver Festplatte, und so um die 9V bei aktiver Festplatte.
5.:-Der Transistor (BDundsoweiter) schaltet (wenn ich mich recht erinner) durch, sobald zwischen der Basis und dem Emitter eine Spannungsdifferenz von 5V herrscht (also Basis 5V über Emitter). Da der Emitter auf der Schaltungsmasse liegt, sollten die 9,? V an der Basis also ausreichen. Mit einem, auf Durchgangsprüfung geschaltetem Multimeter solltest Du das eigentlich nachmessen können, indem Du die schwarze Com-Leitung an Pin3 des Schalter-Anschlusses hältst, und die rote an Pin2 (Festplattenaktivität=Durchgang, Inaktivität=kein Durchgang). Achso, der Schalter sollte nat nicht angeschlossen sein.
Wenn das bis hierher so stimmt, muß Dein Problem dahinter liegen (Schalter, LEDs...). Ansonsten sag an, wo's klemmt...
Achso:
Der Transistor von der Sound->Light-Modul Seite hat die Basis links, der Flasher-Transistor hat die Basis rechts? (sollte so sein)